Tijdens het bewind van keizerin Catharina de Grote (1763-1796), geboren als prinses Sophia Augusta Frederika van Anhalt-Zerbst-Dornburg, floreerden de medische verbeteringen van haar voorgangers in Rusland. Ze heeft de gezondheidszorg nog meer geïnstitutionaliseerd en Rusland werd steeds meer zelfvoorzienend op het gebied van opgeleide medische professionals.
De keizerin bracht belangrijke veranderingen aan in het beheer van medische zaken in Rusland. In 1763 werd de Meditsinskaya Kantselyariya omgevormd tot de Meditsinskaya Kollegiya (Medical Collegium) met uitgebreide bevoegdheden. Ze installeerde een raad van bestuur (Collegium) met een dokter Medicinae als een van de leden. In 1764 kreeg de Meditsinskaya Kollegiya het recht om de graad van Doctor Medicinae te verlenen, hoewel dit recht zelden werd gebruikt.

In 1786 werden de twee functionerende medische scholen afgescheiden van de ziekenhuizen en omgevormd tot onafhankelijke medisch-chirurgische scholen (de Bidloo-school en de marine- en landmacht hospitaalschool in Sint-Petersburg). Samen met de universiteit van Moskou kregen ze het recht om hun eigen studenten op te leiden en "toe te leiden naar de doctoraatstitel". Tot op dat moment behoorde dit recht alleen toe aan de Meditsinskaya Kollegiya. In 1798, 12 jaar later, werden de medisch-chirurgische scholen van Moskou en St. Petersburg omgedoopt tot Imperial Medico-Surgical Academies. De Moskouse Medisch-Chirurgische Academie bestond tot 1804. Niet alleen de 45 studenten, maar ook alle medische instrumenten en de bibliotheek werden overgebracht naar de keizerlijke Medisch-chirurgische Academie (nu de Militaire Medische Academie genaamd S.M. Kirov) in St. Petersburg.

Aan het einde van de achttiende eeuw waren er twee centra voor de medische wetenschap, de medisch-chirurgische academie in St. Petersburg en de medische faculteit van de Moskou universiteit. Deze universitaire faculteit concentreerde zich op algemene pathologie, therapie en fysiologie, terwijl de Medisch-chirurgische Academie een leidende positie innam in de ontwikkeling van anatomie, topografische anatomie en chirurgie.
In Rusland bestond rond 1800 een aanzienlijke kloof tussen de medisch geschoolde wetenschappers die experimentele onderzoeksmethoden gebruikten en de praktiserende artsen. De laatste groep vertrouwde nog op de traditionele geneeskunde.

In de zeventiende en achttiende eeuw ontstonden op medisch gebied nauwe banden tussen Rusland en Nederland. Veel Nederlandse artsen kwamen in Rusland werken, bekleedden zeer hoge functies in de Russische medische dienst en droegen bij aan de ontwikkeling van de medische dienstverlening en het medisch onderwijs.

Vooral de Universiteit Leiden heeft een uitstekende bijdrage geleverd aan de ontwikkeling van de geneeskunde in Rusland. In totaal waren er zes doctoren in de geneeskunde lid van de Academie van Wetenschappen, zeven waren professoren in de medische wetenschappen en meer dan dertig waren gewone doctoren in de geneeskunde, die praktijk hielden. Allemaal zijn ze ooit in hun loopbaan afgestudeerd aan de Universiteit Leiden of gepromoveerd.

Het kostte Rusland ongeveer 130 jaar om een zelfvoorzienende medische opleiding op te bouwen sinds Peter de Grote hervormingen begon in Rusland. Aan het begin van de 19e eeuw had Rusland al 1519 artsen en chirurgijns van Russische afkomst. Vierhonderdtweeëntwintig werkten in het leger, 128 bij de marine en 879 in ziekenhuizen en medische besturen.

De tsaren, keizers en keizerinnen hebben vanaf Peter de Grote de basis gelegd en de voorwaarden geschapen voor hervorming van de gezondheidszorg. De artsen moesten echter het huis en de inhoud ervan vormgeven. Bovenal waren goed opgeleide hoofden van de kliniek met een uitstekende medische kennis essentieel.

De beide broers, Alexander I en Nicholas I, wilden steeds meer onafhankelijk worden van buitenlandse artsen. Als grote Europese mogendheid begrepen ze dat Rusland het zich na de Napoleontische oorlog in 1812 niet kon veroorloven ver achter te blijven op Europa. Keizer Nicolaas I (regeerde 1825-1855) gaf getalenteerde studenten van verschillende afdelingen van Russische universiteiten de mogelijkheid om in het buitenland te studeren. Jongeren, voorgeselecteerd door de professoren van hun universiteiten, moesten een toelatingsexamen afleggen. Degenen die slaagden mochten aan de Keizerlijk Duits-Baltische Universiteit van Dorpat (nu Universiteit Tartu in Estland) studeren met een studiebeurs door de keizer was toegekend. In Dorpat behaalden de studenten hun doctorstitel. De Universiteit Dorpat werd destijds beschouwd als een van de beste instellingen voor hoger onderwijs in het Duitstalige gebied in Europa en Rusland. Het doel van hun studie in Dorpat en hun stage van nog eens twee jaar aan buitenlandse universiteiten in Europa was om hen voor te bereiden als stafmedewerkers bij de afdeling van het Ministerie van Openbaar Onderwijs en als hoogleraren van de universiteiten. De eerste groep getalenteerde studenten arriveerde in 1828 in Dorpat, waaronder Nikolay Ivanovich Pirogov (1810-1881). Er waren nog 30 jaar nodig om de medische vaardigheden in Rusland op een niveau te brengen dat gelijk is aan dat van de geavanceerde landen van Europa. Pirogovspeeldeeencrucialerolinditproces.